Порт Силламяэ открыт для судоходства и работает 365 дней в году.

Ледовая обстановка в порту благоприятна и не требует ледокольных услуг в обычную зиму. За последние 15 лет приходилось лишь 1 раз прибегать к использованию ледоколов в районе акватории строящегося порта.

Глубина акватории порта Силламяэ достигает, в зависимости от причала, от 10 м у причала генеральных грузов до 16 м у причалов для погрузки нефтепродуктов. Это позволит принимать самые крупные суда, заходящие в Балтийское море через Датские проливы.

Морской канал (или фарватер) является полузакрытым (местами углубленным) каналом, имеющим классификацию Канала Группы А с удовлетворительным навигационным оборудованием и обеспеченными глубинами 16,5 м.

Акватория порта Силламяэ хорошо защищена от W, NW и N ветров молом общей длинной в 1 км расположенным в западной части порта. Порт защищен от других ветров материком.

В соответствии с Морским Правом Эстонской Республикой, любое судно, заходящее в порт Силламяэ, должно пользоваться услугами лоцманской станции порта Силламяэ.